Eu também tenho um Kinesis Advantage, mas não consegui reproduzi-lo. Você tentou resetar as configurações segurando Prgrm + Deslocamento + F10 ?
Isso também se aplica a outras chaves? Ou você já tentou trocar o comando com alguma outra tecla nas Preferências do Sistema e segurando essa outra tecla e guia?
Se for um problema de hardware que só se aplica a algumas chaves, você pode usar o KeyRemap4MacBook para mapear alguns outra chave para comando. Por exemplo, movi todas as teclas modificadoras sob o polegar esquerdo:
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::DELETE, KeyCode::SHIFT_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::FORWARD_DELETE, KeyCode::COMMAND_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::HOME, KeyCode::CONTROL_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::END, KeyCode::OPTION_L</autogen>