Em HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\CLSID\{your class id}\ShellFolder
Existe uma configuração
"Attributes"=dword:00100000
Isso parece ser definido quando você exclui o ícone que representa sua extensão.
Remover todo o HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\CLSID\{your class id}\ShellFolder
trabalhou para mim.