Eu não acho que você vai ter problemas com esse esquema de partição. Apenas lembre-se de que seus dados armazenados serão excluídos, portanto faça um backup. Além disso, durante a instalação do Ubuntu, você pode formatar essa partição no Ext4 em vez do NTFS, o que é melhor para o uso do Linux, e adicionar outra pequena partição para usar como swap.