Há algumas coisas que você pode tentar:
Desative o acesso de convidado para impedir a navegação anônima editando o arquivo smb.conf:
$ sudo nano /etc/samba/smb.conf
Adicione esta linha à seção [global]:
restrict anonymous = 2
Também em Preferências do sistema > Compartilhando, você pode ajustar as permissões para 'Compartilhamento de Arquivos' conforme achar melhor.
Quanto às coisas sendo invertidas, isso é estranho. Talvez você deva tentar reconfigurar o compartilhamento novamente para ver se tem o mesmo problema. Eu sei que os arquivos de configuração podem, às vezes, ser descartados e às vezes é mais fácil apenas recriar o compartilhamento de smb.