Você pode fazer isso com o GNOME Shell. Existe uma extensão chamada Auto Move Windows que permite atribuir áreas de trabalho específicas a qualquer aplicativo (infelizmente não é automaticamente, você tem que definir a configuração para cada aplicativo que você deseja aplicar a extensão).
Se você estiver usando o Oneiric Ocelot (11.10), você estará usando o GNOME 3.2, a configuração é realmente fácil.
Primeiro abra a pasta de extensão (se você instalá-lo pelo link acima, ele deve ser /home/user/.local/share/gnome-shell/extensions/
e abrir extension.js
com qualquer editor de texto (eg gedit) e modificar APPLICATIONS (linha 16) e inserir uma lista de aplicativos, pares de área de trabalho como isso:
const APPLICATIONS = ['epiphany.desktop:1','evolution.desktop:1','gnome-terminal.desktop:2','empathy.desktop:3','xchat.desktop:3']
Para mais informações sobre a configuração da extensão, visite este link .