X tem dois buffers, um primário e um secundário; com qual destes, qual aplicativo se comunica depende de uma variedade de coisas.
Portanto, você não pode ter seleções ativas em vários xterms.
Você poderia usar algo como parcelite e roteirá-lo para escrever coisas para um arquivo para que todas as suas seleções acabem em um só lugar.