Se eu entendi sua pergunta, você deseja alterar o diretório atual antes de iniciar um programa a partir da linha de comando.
Se é isso que você quer fazer, basta fazer um cd your\path\here
seguido por um &
do seu programa.
Por exemplo
cd /D C:\Users & dir
Mudará o diretório ativo para C:\Users
(o /D
é para que ele altere as letras de unidade, se necessário) e, em seguida, execute o comando dir
nessa pasta.