Minhas perguntas são:
Can the media center, accessing directly the NAS shares cause any integrity problems?
Não. Um NAS deve ser capaz de lidar com isso.
(Uma SAN que um dispositivo de bloco exportado diretamente e o sistema de arquivos incorreto nele não pode, mas um NAS opera em um nível diferente e deve estar bem)
If I buy a 5 bay NAS, can I use 4 disks with RAID 6 for storage and 1 disk individually to run some services, like web server, FTP, ...?
Você pode.
Would it be a good idea?
Não. Primeiro, porque usar quatro unidades RAID 6 array é um desperdício. Você só obtém o espaço de armazenamento de dois discos de quatro unidades. O RAID 10 também é bastante seguro, oferece quase a mesma proteção (1 ou 2 falhas no disco, dependendo de quais discos falham) e é muito mais rápido.
Em segundo lugar, porque você quer um backup externo [off-line].
Mesmo dois discos sobressalentes no NAS não salvam seus dados se houver um incêndio, se um raio atingir ou se um ladrão roubar seu equipamento. A única solução verdadeiramente segura é ter um segundo backup em um local diferente.
Assim, eu não usaria 4 discos no RAID 6. Use 3 discos no RAID 5 ou 4 discos no RAID 5 para obter mais espaço de armazenamento ou 4 discos no RAID 10. Em todos os casos, faça um externo backup (por exemplo, uma simples cópia anual para um disco que você armazena em outro lugar. Ou uma solução baseada em nuvem em que você rsync os dados alterados para um lugar diferente.)