Existe uma ferramenta interessante chamada Syncle .
Permite sincronizar arquivos individuais em todo o sistema de arquivos com alguma pasta (por exemplo, gerenciada e sincronizada pelo SpiderOak). O Syncle é wiritten em Python, possui uma interface de linha de comando e um arquivo de configuração simples baseado em YAML.
Talvez alguém conheça uma solução melhor?