Pode ser apenas uma coincidência que você estava fazendo atualizações, mas parece que pode haver um problema no disco. Isso deve ser feito sem dizer, mas certifique-se de IMEDIATAMENTE fazer backup de qualquer coisa importante, se nada mais é sempre bom ter backups.
Sugiro testar o disco rígido para garantir que ele não falhe.
Existem vários utilitários de disco inicializáveis para testar a integridade dos discos rígidos. Meu favorito é o Teste de condicionamento físico do Drive . Esta ferramenta irá essencialmente passar pela verificação de unidade para setores defeituosos, bem como realizar uma série de outras verificações de integridade no processo.