Provavelmente, é o seu disco rígido. Quais erros o chkdsk
gerou? Especificamente, quero dizer ...
Se o disco rígido apresentar alguns erros físicos, é bem possível que o reparo de inicialização não consiga consertá-lo ou até mesmo ver a unidade algumas vezes. Quando você menciona que não pode vê-lo no sistema Linux, isso é mais uma evidência. Você pode vê-lo na BIOS? Eu ainda estaria culpando o disco rígido