Isso está certo? Você tem um domínio com Drupal como subdiretório ( link , talvez em / var / www / vhosts / example_com / drupal) e também deseja outro domínio para veicular apenas essa subpasta ( link ), mas o link veicula o mesmo conteúdo que o link .
Você está reiniciando o Apache depois de alterar o my.conf? Você poderia postar esse arquivo (anonimizar o que você gosta), ou pelo menos DocumentRoot?