Não continue usando a unidade até ter certeza de que ela está íntegra, ou seja, você deve ter cuidado com o que tentar fazer com a unidade a partir deste momento. Quanto mais você usar uma unidade com falha, pior e mais incerta ela se tornará, espero que você já esteja ciente disso, mas apenas pensei em mencioná-la se você não soubesse.
Com isso dito, você pode ser capaz de inicializar em um CD do Linux / Knoppix LIVE e ver se é possível remover qualquer arquivo da unidade dessa maneira. A unidade deve ser montada automaticamente, mas se você não tiver certeza de que pode abrir um prompt de comando e executar um fdisk -l para ver quais unidades o Linux acha que está montado.
Depois de ter protegido seus arquivos, talvez não seja uma má idéia testar a integridade da unidade com uma ferramenta como Drive Fitness Test ou outro utilitário de disco para garantir que não haja algo errado com o disco.