Ele deve ser executado corretamente quando você escolher "Executar", caso contrário, você terá outro problema também.
Para executar seu script sem que a caixa de diálogo apareça e para alterar seu ícone, você precisará criar um arquivo .desktop
para ele:
[Desktop Entry]
Name=My script
Comment=Test hellow world script
Exec=/home/user/myscript.pl
Icon=/home/user/myicon.gif
Terminal=false
Type=Application
Salve o arquivo na sua pasta Desktop
como myscript.desktop
, ele deve aparecer agora usando o ícone /home/user/myicon.gif
e você pode executá-lo clicando duas vezes.