Primeiro, como William P. Botha disse , não há absolutamente nenhuma razão para usar o putty no Linux. Basta abrir o seu emulador de terminal favorito e executar ssh
ou o que for necessário:
$ ssh [email protected]
$ scp local_file.txt [email protected]:/path/to/remote/file.txt
Quanto à área de transferência, isso fica um pouco complicado em * nix. Você provavelmente está se desentendendo com as várias pranchetas oferecidas pelo X (isso é um recurso, não um bug). Resumidamente, existem duas "pranchetas" principais para o * nix, o PRIMARY e o CLIPBOARD. Quando você seleciona o texto, ele é copiado para o PRIMARY e pode ser colado usando o botão do meio do mouse. Ctrl + C copia para o CLIPBOARD e pode ser colado usando Ctrl + V . Então, dependendo de qual área de transferência está em uso, você pode colar usando um método diferente. Veja esta página no wiki do Arch para mais informações.
Você também pode achar útil um dos "gerenciadores de área de transferência". Eles permitem que você alterne entre as pranchetas em uso e salve algumas seleções anteriores em uma espécie de histórico da prancheta para colar sob demanda. Alguns dos mais conhecidos são:
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clipit
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glippy
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glipper
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parcellite
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klipper