O aplicativo de mensagens instantâneas padrão no Xubuntu (e todas as variantes do Ubuntu) é agora Empathy. O pacote do menu de mensagens é projetado especificamente para funcionar com o Telepathy, o backend do Empathy. O Gwibber foi modificado para funcionar especificamente com essa interface. Portanto, em suma, não há como integrar facilmente aplicativos não suportados ao menu.
Se você não quiser ver o ícone do sistema de mensagens na barra de tarefas, abra um terminal e execute
sudo apt-get remove indicator-messages
Aconselho vivamente que tome nota da ação e esteja pronto para a reinstalar se não gostar do que fez.