No X windows em geral (e em todos os DEs que já usei), você pode alterar as configurações de foco para que a janela sob o mouse seja focalizada automaticamente. Especificamente para o Cinnamon, faça:
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Abra o aplicativo de configurações do Cinnamon e clique em
Windows
Definaofocopara
Mouse
Até onde sei, não há como dar foco a uma janela rolando, mas acho que você verá que isso funciona da mesma maneira. "Focus follows mouse" foi uma das principais razões pelas quais eu estava convencido de usar o Linux com meu primeiro Mandrake KDE em 1998:).