Esta funcionalidade para abrir um Evernote em uma nova janela ainda existe - ele acaba de ser mascarado por essa nova funcionalidade de "nota rápida".
O recurso anterior para criar uma nota em uma nova janela é atualmente mapeado para Cmd - Alt - Ctrl - N em vez disso.
Você pode restaurar o método anterior e parar de usar (ou alterar) a interface "nota rápida" clicando em Evernote → Preferências → Atalhos. Lá você pode alterar o mapeamento do teclado de "Quick Note" para outra coisa e mapear o item chamado "New Note Window" de volta para o atalho Cmd - Ctrl - N (ou o que você preferir).