Altere as configurações do BIOS para o original (para não receber a mensagem "Sistema operacional não encontrado") e tente inicializar o Windows no modo de segurança pressionando F8 enquanto o BIOS inicia o carregamento do Windows. (Você pode precisar pressioná-lo repetidamente ou segurá-lo.)
Se você puder inicializar no modo de segurança, poderá usar a Restauração do sistema para reiniciar a inicialização normal.
Se você não puder inicializar no modo de segurança ou se não puder usar a Restauração do sistema, tente inicializar a partir do CD do Windows (se tiver um) e usando o recurso de reparo. Veja as instruções aqui: link