Eu não estou familiarizado com as coisas que você mencionou, mas os dados no arquivo não são todos, há fragmentação interna (ou seja, em média, o último bloco de cada arquivo / diretório está apenas pela metade) e existe o espaço em disco fora do arquivo usado para rastreá-lo.
Além disso, uma característica pouco conhecida da maioria dos sistemas de arquivos Unix é que eles têm um suprimento limitado de inodes; se eles se esgotarem, o sistema de arquivos é frequentemente relatado como cheio, mesmo que haja espaço disponível. Há também cotas de disco, se você preencher sua cota, o disco estará efetivamente cheio para você, mesmo que haja muito espaço livre.