Dois posso pensar em; resiliência de velocidade e erro.
Acessar através de um ISO montado em uma unidade virtual inevitavelmente será mais lento do que acessar arquivos diretamente. Para abrir fotos individuais em um visualizador, provavelmente será imperceptível.
No que diz respeito a erros, qualquer corrupção no arquivo ISO pode deixar todo o lote inacessível. É claro que a maioria dos erros no disco rígido será muito mais grave do que um pouco de dados corrompidos não recuperáveis, mas digamos que você tenha uma pequena quantidade de corrupção no disco.
Com pastas contendo arquivos individuais, isso só deixaria os arquivos em que os dados foram corrompidos como ilegíveis (não podem ser abertos como imagens).
No entanto, a mesma pequena corrupção de dados em qualquer parte do arquivo ISO provavelmente deixará toda a imagem ISO inatingível e, portanto, não legível.
No entanto, se você também usou o ISO para gravar um disco de backup mantido em segurança em uma gaveta em algum lugar, isso não importa (e é improvável com discos modernos, de qualquer maneira).