O Bash ignorará ~/.profile se ~/.bash_profile existir. Então você precisa verificar se .bash_profile está lá. E, para garantir, é melhor configurar todas essas configurações em .bashrc e source em .profile . Por exemplo:
$ cat ~/.bash_profile
[[ $- == *i* ]] || return0
source ~/.bashrc
$ cat ~/.bashrc
[[ $- == *i* ]] || return 0
export HISTSIZE=100000
export HISTFILESIZE=100000
$