Absolutamente. O resto do sistema deve ser atualizado junto com ele. Caso contrário, muitos binários deixarão de funcionar porque estão ligados a uma versão diferente do Glibc.
Nos casos em que a atualização é pequena, isso tende a não ser um problema.
Se você nomear sua versão como distro, as pessoas poderão fornecer respostas mais específicas.