Estou supondo que você só quer se livrar da entrada "Ubuntu" no bootloader. Para fazer isso, pressione a tecla Windows (Super) + R e digite msconfig. Pressione Enter. Vá até a aba de inicialização e destaque a entrada wubi. Clique em excluir. Reinicie o computador. Ele deve inicializar no Windows sem lhe dar a opção do Ubuntu.