Tente isso -
gedit ~/.local/share/applications/mimeapps.list
Procure na seção [Aplicativos padrão] por uma linha
inode/directory=nautilus-folder-handler.desktop
exclua a linha completa, salve
Há um novo nautilus que corrige isso para os atualizadores, mas ainda está em proposta, a ação acima cuidará disso para você
bug que eu tenho sobre isso link