Você precisa usar um gerenciador de partida, um bom é GRUB
Ele é instalado no momento em que você instala o Linux no disco, Como você tem dois discos, caso não consiga configurar as partições na configuração da placa de configuração, é possível que você faça uma configuração especial dos jumpers físicos. que estão na parte de trás dos discos.
Algumas referências: