Então, um usuário comete a exclusão de arquivos junto com outras alterações válidas e, em seguida, afirma que o arquivo foi removido em seu sistema de arquivos por alguma força mágica e invisível?
Eu vejo duas opções aqui: ou o usuário remove o arquivo ou algum outro aplicativo interfere e remove o arquivo silenciosamente. svn delete
não pode acontecer sozinho, assim como um arquivo não pode ser removido magicamente no sistema de arquivos.
Se a situação for recorrente, sugiro verificar novamente se algum antivírus ou outro aplicativo silenciosamente remove os arquivos da cópia de trabalho do usuário.
AFAIU você já verificou os registros svn log
e VisualSVN Server. Se a entrada de log informar que o arquivo foi excluído de uma cópia de trabalho e a exclusão foi confirmada, isso realmente aconteceu e é o usuário que cometeu essas alterações.
Algum tipo de registro do lado do cliente deve ajudá-lo a investigar esse comportamento. Por exemplo, você pode definir o script de gancho pré-commit do TortoiseSVN do lado do cliente para registrar quais arquivos serão confirmados em cada tentativa de consolidação.