Eu vejo as seguintes desvantagens:
- com links físicos, não há mais o caminho "original" do arquivo, ou seja, você não consegue distinguir um arquivo de seus links. Costumo usar links como atalhos para arquivos que estão em uma estrutura de diretórios aninhada e bem ordenada, para simplificar a navegação, mas ainda quero poder pesquisar exatamente onde o arquivo está armazenado (já que seu caminho original contém informações).
- O substituto tornaria as coisas confusas para usuários menos avançados. Se você se acostumar com tudo que estiver sendo hardlinked e o arquivo for um link, às vezes, você pode excluir o arquivo no local original porque sabe que os links manterão os dados na unidade. Agora, se o fallback de um link flexível tiver ocorrido, você excluirá seus dados. Claro que o software poderia emitir um aviso, mas para muitos isso poderia aumentar a confusão.
Em geral, não acho que seja uma boa ideia esconder coisas fundamentalmente diferentes do usuário. Para a maioria dos cenários, os soft links estão bem. Na minha experiência, os hard links são principalmente úteis para backups. Por exemplo, dirvish
faz uso deles.