Sim, a instrução de impressão é a principal causa de lentidão no modo ocioso. Os fluxos stdout e stderr são capturados pelo IDLE, e um monte de comandos Tk são executados para renderizar o texto apropriadamente. Remover sua saída para stdout deve acelerar as coisas novamente.
Veja o idlelib.PyShell , idlelib.OutputWindow e idlelib.EditorWindow para (algumas) a extensão da toca do coelho ...
Eu sugeriria usar o módulo registro para registrar o progresso; você pode então definir o nível de log para algo maior quando estiver em IDLE para evitar a saída nessa condição, ou logar em algum lugar diferente de stdout.
Embora eu realmente não recomende, algo como o seguinte provavelmente funciona mais do tempo, se você realmente quiser ser capaz de configurar o comportamento de maneira diferente quando executado sob IDLE. Embora você realmente não devesse: -)
import sys
running_under_idle = 'idlelib' in sys.modules