Suponho que você esteja no Windows ...
Eu não tentei isso sozinho, mas uma opção pode ser usar o Ghostscript com o Monitor de Redirecionamento:
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Configure NÃO para solicitar nomes de arquivos. Agora deve estar agindo como uma fila de impressão do Windows que produz arquivos PDFs.
Agora você tem o documento em formato PDF - a próxima etapa é usar uma ferramenta de linha de comando que pode ser dividida e depois reingressar em páginas PDF. Novamente, eu não tentei isso, mas talvez você possa usar o comando pdftk burst para dividir o arquivo, então use o pdftk shuffle para remontar as páginas de volta em um único documento. Você precisará de algum tipo de script, como o Windows Powershell ou o Windows Script Host, para colar tudo isso junto ...
Isso tudo é extremamente desajeitado, é claro !!