O tipo de saída informa apenas ao assistente de criação do projeto o que você deseja aproximadamente. Se não houver ajuste exato, você ainda pode escolher o mais próximo possível. Por exemplo, o seu "aplicativo da web" deve ser implantado como .exe ou .dll (pode não ser nomeado com essa extensão). Escolha o mais próximo e personalize o projeto de acordo com suas necessidades.
Os modelos fornecidos apenas fornecem um esboço para o projeto. Eu sempre acabo personalizando algum aspecto e não vejo por que isso seria desencorajado. Então, basta personalizar.