Provavelmente não use os discos de recuperação, pois eles foram criados antes do particionamento. E como + Ramhound disse, eu sei que o instalador do Windows é capaz de não nuking outras partições. Mas então você pode estar preso tentando embaralhar os drivers se ele não tiver seus drivers de ethernet. Dor pequena e mais rara com os desktops.
Em ambos os casos: eu usaria uma ferramenta como o Norton Ghost para copiar sua partição do Ubuntu antes de tentar qualquer restauração. Dessa forma, você pode restaurar e, se ele neutralizar o Ubuntu, basta redimensionar e restaurar a partição.
Mas, conhecendo os instaladores / restauradores do Windows, você terá que reinstalar o gerenciador de inicialização para voltar ao Ubuntu.