É um pouco uma solução hacky, mas supondo que você tenha uma GUI instalada, e sua instalação é inferior a 4gb, remastersys seria o responda. O Remastersys converte uma instalação em execução em um utilitário de gravação e possui dois modos - um para gerar uma distribuição (perfeito para criar sua instalação inicial com o básico) e backup (para instantâneos do seu trabalho). Você pode usar um backup para instalar em uma partição, trabalhar nela e gerar um novo disco quando quiser um backup.
Ele usa ubiquity (o instalador GUI do ubuntu) para instalar, embora a versão debian possua um script que permita a instalação de cli distros. Eu acredito que deve funcionar com o unetbootin (para fazer a instalação de chaves USB), mas não me lembro se a persistência funciona.