Apenas caso alguém se depare com isso enquanto procura o mesmo problema, corrigi-lo no final.
A chave é criar um backup na primeira máquina. Em seguida, copie os dados da primeira para a segunda máquina usando um disco rígido externo.
Configure a segunda máquina como um segundo dispositivo em SO e configure um backup.
Após o backup de ambas as máquinas, sincronize as pastas que você precisa ter idênticas. Tudo feito.
Observe que os sistemas de arquivos nas minhas duas máquinas eram idênticos. Não tenho certeza de como isso funcionaria com sistemas de arquivos não-idênticos.