Acho que você está sendo caminho preocupado demais com a corrupção de dados. Os dados no seu computador têm FAR mais probabilidade de serem corrompidos do que em uma unidade flash USB. A mídia Flash é extremamente confiável e você não deve se preocupar com perda de dados.
Estou mais preocupado em manter todas as suas senhas em uma unidade flash que pode ser facilmente perdida ou roubada. Seria muito mais seguro manter suas senhas usando um programa como KeePass que pode criar um arquivo criptografado que você pode armazenar na nuvem em um serviço como Dropbox. Isso permitiria acesso seguro e protegido aos seus dados de qualquer lugar, sem a possibilidade de perder uma unidade USB. Se você tinha , você poderia armazenar o arquivo criptografado na unidade USB, mas por que arriscar perdê-lo?