Tenho certeza de que esse é o comportamento padrão do Chrome, e não algo do Visual Studio. O Chrome usa a última janela que você tinha ativo como o local para adicionar a nova guia. Você pode testar isso clicando em um link do e-mail (e assumindo que o Google Chrome é seu navegador de sistema padrão), observando onde a nova guia é aberta.
Pode ser possível passar argumentos de linha de comando ao Chrome para especificar a abertura em uma nova janela, mas é provável que você precise gravar uma extensão do VS para fazer isso.
Confira Comutador de navegador padrão para ver uma ideia.