A maioria dos utilitários de backup tem um meio de executar um backup incremental, essencialmente o que você está descrevendo quando menciona a cópia de arquivos com base na pré-indexação do destino. No entanto, como você já iniciou o processo copiando arquivos manualmente, se o sistema host for o Windows, tente XXCOPY . Tem literalmente dezenas de opções de linha de comando para determinar o que será / não será copiado.