Você não disse quais sintomas específicos de sistemas de arquivos danificados você encontrou. Esse aviso pode ser nada. Quando você obtê-lo, deve haver uma caixa de seleção que lhe permite digitalizar sem reparo, então você digitalizar seu pendrive e responder a uma pergunta se algum arquivo estiver danificado em tudo. Você sempre pode ignorar esse solicitante e executar o chkdsk desativando manualmente o reparo. (start - > run - > CMD.EXE, em seguida, digite chkdsk <drive> e ele será executado sem reparo).
No entanto, para responder a uma pergunta, se você diminuir sua chance de recuperação, ninguém dirá a você com certeza. Se a célula da unidade estiver no limite, você receberá erros de leitura durante a cópia, mas depois de executar o chkdsk, você poderá copiar um arquivo sem problemas. Aposto que não estará completo. Outras decepções que eu enfrentei na minha vida incluem chkdsk fazendo bagunça completa do meu FAT, fazendo meus nomes de arquivos parecerem rabiscos. Também procure o que eu enfrentei em uma unidade SSD , que eu ainda não tenho certeza se é responsável por essa bagunça.
Eu sempre primeiro executo o chkdsk sem /F e, depois, com ele. Não confiando nessa coisa. Também adquiri o hábito de copiar coisas para pendrives com checksums (CRC32) feitos pelo TotalCommander (shareware) ou um arquivo batch usando fsum.exe (free). A avaliação da integridade dos arquivos é trivial.