Não é uma boa idéia usar o NTFS como partição inicial do linux. Existem vários arquivos confidenciais, como chaves privadas, e não tenho certeza se o driver ntfs / do Ubuntu está usando todos os recursos de permissão do NTFS (é diferente do ext3 ou ext4).
Qual é o problema com um compartilhamento de samba? Talvez o rsync seja uma alternativa se você quiser compartilhar / sincronizar com uma unidade NTFS?