O Clonezilla permite fazer backups, seja um clone completo (partição para partição) ou um backup (partição para imagem). Se você escolher o segundo, você pode fazer o backup dos dois laptops diferentes na mesma partição de disco rígido externa (basta nomear os arquivos de imagem diferentes).
Quanto às partições de inicialização, eu acho que você precisa de um gerenciador de inicialização para informar a BIOS de qual partição você deseja inicializar. A maneira mais fácil de evitar isso seria uma das seguintes opções:
- Desative uma partição de inicialização e instale o Clonezilla na outra partição de inicialização, portanto, há apenas uma partição de inicialização.
- Instale o Clonezilla em um pendrive USB para poder executá-lo de lá. Eu acho essa a melhor solução.
- Grave Clonezilla em um CD e use-o de lá.
No seu caso específico, se você quiser usar o disco rígido externo para o Clonezilla e os backups, particionarei para que ele tenha uma partição (inicializável) para o Clonezilla e o restante do disco para os backups. Então você pode iniciar o Clonezilla e fazer os backups como partição para imagem, então você só precisará de uma partição para armazenar todos os backups que você quer.