"O PerfectDisk não suporta a desfragmentação de unidades criptografadas TruCrypt" de link
Na verdade, contanto que você deixe cerca de 20% + espaço livre em disco, é improvável que você veja problemas de fragmentação em geral. Se você opera regularmente abaixo disso, verá um salto na quantidade de fragmentação, especialmente ao trabalhar com arquivos grandes - especialmente um problema se o registro tiver crescido muito.
Em alguns casos, o Windows, na verdade, executará o FASTER com uma unidade fragmentada devido a como as informações são acessadas.
Apenas seja feliz com sua unidade criptografada e não se preocupe.