O httpd Apache muda para um usuário diferente já por padrão. No Ubuntu, dê uma olhada no parâmetro /etc/apache2/apache2.conf at User , que usa uma variável definida em /etc/apache2/envvars . Se você não estiver satisfeito com o usuário padrão www-data , poderá alterá-lo para lá.
Se você quiser iniciar o daemon como usuário não raiz desde o início, será necessário modificar o script de inicialização /etc/init.d/apache2 . Isso será problemático, por exemplo, não poderá escutar na porta 80, não poderá gravar seu arquivo .pid em /var/run etc.