Gostaria de saber se os sistemas de arquivos estão um pouco corrompidos (ou foram corrompidos pelo Linux) e se precisa de um fsck no Windows? Enquanto o NTFS é suportado pelo Linux, não é um sistema de arquivos nativo.
Outra possibilidade (mas eu imagino menos provável) é algo a ver com formatação avançada / GUID e diferentes maneiras de ler discos grandes / compatibilidade com versões anteriores? Se suas unidades são > 2tb, isso vale a pena uma exploração séria.