O motivo é fechar janelas em hibernação (ganhar 7 e ganhar 8) ou reiniciar (ganhar 8 somente porque ele usa "reinicialização rápida"). Este prob é mais ou menos resolvido nas versões mais recentes das distribuições Linux (como fedora 18 e ubuntu 12) já que ele avisa que o "hiberfile" sai e deve ser excluído ou a unidade deve ser montada em modo somente leitura.
A perda de dados ocorreu porque eu executei a ferramenta de carregamento do pré-windows que "verifica e conserta a consistência do HDD". Ele removeu os índices que foram criados pelo Linux, levando a que pastas inteiras (criadas no Linux) desaparecessem.