Acabei de omitir o último passo desse tutorial
chown root:root theirsite.com
Se eu deixar essa parte, o novo usuário poderá gravar nesse diretório. Então, a questão da escrita parece estar resolvida. Ele não pode escrever em nenhum outro diretório acima, então isso também é ótimo.
O único problema que resta é que ele ainda pode navegar pela árvore. Não quero que esse usuário veja outros conteúdos ou sites no servidor.