Você não pode usar o programa "Instalar o Windows da unidade flash USB" para reformatar e copiar arquivos ISO em um disco rígido externo. O Windows simplesmente não o reconhece como um pen drive (já que não é um). No entanto, há uma solução bastante simples. Esta pergunta foi feita antes no superusuário. Eu não me credito por esta explicação, mas era muito mais simples copiar e colar do que tentar reescrever em minhas próprias palavras. Ligarei a página de perguntas completa no final, mas notarei a primeira resposta à pergunta do OP (a que foi copiada e colada abaixo). É de longe o melhor e mais completo:
Existe uma maneira bastante fácil de instalar o Windows 7 a partir de um disco rígido externo e leva menos de 10 minutos para ser configurado. Você também não precisa mudar para o FAT32 para usar este método.
Primeiro, formate seu disco como NTFS (o formato rápido é bom, o tamanho padrão do setor). Em seguida, extraia o seu disco do Windows 7 / ISO para o disco rígido. Existe um utilitário incluído no disco do Windows 7 que permite marcar a unidade como inicializável, localizada na pasta de inicialização.
Quando estiver lá, execute o BOOTSECT / NT60 X :, em que X: é a letra do disco rígido externo. Uma vez feito isso, você pode simplesmente conectar a unidade ao seu computador, e você deve ser capaz de inicializar a partir dele. Apenas FYI, a ferramenta BOOTSECT atualiza o MBR para a partição da unidade.
Como alternativa, você também pode executar o seguinte comando (em um prompt de comando ou na caixa de diálogo Executar, WinKey + R):
X: \ boot \ BOOTSECT / NT60 X:
Onde, novamente, X: é a letra da unidade do seu disco rígido externo. Feito isso, o disco rígido foi marcado como inicializável e, se você tentar inicializar o computador a partir dele, a instalação do Windows 7 será iniciada.
O motivo pelo qual eles usam o FAT32 nesse artigo da Technet que você postou é porque essas instruções eram para uma chave USB. Você pode seguir a parte DISKPART desse guia para preparar e configurar suas partições, mas certifique-se de formatar a unidade usando NTFS.
Aqui está a postagem original:
Como posso instalar o Windows 7 a partir de um disco rígido externo?