Arquivos com um ponto no início do nome ficam ocultos por padrão. No Nautilus (gerenciador de arquivos padrão do Ubuntu) você pode torná-los visíveis com Ctrl + H . Para o comando ls , adicione a opção -a a ele, que lista todos os arquivos.
Esses arquivos estão lá desde o início (como .local ou .config ) ou são criados por um programa para armazenar a configuração, etc.
Como exemplo, o PlayOnLinux armazena suas unidades virtuais em ~/.PlayOnLinux . O Java criará o diretório .java e o Firefox e o Thunderbird usarão o diretório .mozilla . Existem também arquivos, não apenas diretórios. Por exemplo. .bash_history contém o histórico de comandos do seu terminal shell.
Portanto, não se preocupe com esses arquivos. Como um usuário "normal", que não mexeu com a configuração de seus sistemas, você provavelmente nem precisará dar uma olhada nesses arquivos e diretórios.