Eu acho que você está procurando por uma ferramenta de diff / mesclagem semântica. Existe uma ferramenta que permite obter diferenças e mesclar até o nível do método (tudo dentro de um método é tratado como texto simples). É chamado mesclagem semântica e você pode encontrá-lo aqui: link .
Disclaimer: Eu trabalho na equipe da Semantic Merge no Codice Software.