Você pode configurar sua nova unidade com partições do mesmo tamanho que a sua antiga. Então você pode copiar as partições do disco rígido antigo para o novo usando o comando dd
usando os dispositivos de bloco em /dev
(ou seja, dd if=/dev/sda1 of=/dev/sdb2 bs=1024
etc).
Finalmente, você precisa reinstalar o grub no MBR da sua nova unidade. Algumas explicações sobre como fazer isso estão em wiki de ajuda do Ubuntu .