Coloque-os todos lá. OTOH, faz pouco sentido, já que eles não estarão acessíveis quando a unidade externa não estiver conectada.
Os repositórios git são apenas diretórios simples, cheios de arquivos normais, que podem ser copiados em backup, copiados e movidos à vontade. O que eu faço com o meu realmente material importante é ter um repositório externo (em outra máquina eu configurei um repositório git para o projeto) e de vez em quando eu empurro qualquer mudança (OK , cerca de uma vez por dia). Outros que eu compartilho também estão em um servidor local git todos os sinos e assobios. A mesma ideia de antes, as alterações são enviadas regularmente,